Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 200 βαθμούς.Σε ένα μεγάλο ταψί , βάζουμε τις ντομάτες, τις μελιτζάνες, τα κρεμμύδια και τα σκόρδα.Αλείφουμε όλα τα λαχανικά με λάδι και τα ψήνουμε για 20 λεπτά. Αφαιρούμε τα σκόρδα , για να μην καούν , και συνεχίζουμε το ψήσιμο για 25 λεπτά ακόμα μέχρι τα υπόλοιπα λαχανικά να ροδίσουν. Βγάζουμε το ταψί από το φούρνο και ξεφλουδίζουμε τις μελιτζάνες κρατώντας έτσι μόνο το εσωτερικό τους.Σε μία μεγάλη κατσαρόλα βάζουμε όλα τα λαχανικά μαζί το θυμάρι, το ζωμό και τα βράζουμε. Χαμηλώνουμε τη θερμοκρασία και το αφήνουμε να σιγοβράσει για 45 λεπτά μέχρι τα κρεμμύδια να μαλακώσουν.Αφήνουμε στην άκρη για να κρυώσει λιγάκι. Χτυπάμε στο μπλέντερ με τα μαχαίρια μέχρι να γίνει πουρές.Το ξαναβάζουμε στην κατσαρόλα αλατοπιπερώνουμε και σιγοβράζουμε.