Τσιγαρίζουμε το κρεμμύδι μέχρι να μαλακώσει. Προσθέτουμε το κιμά και το σκόρδο. Ανακατεύουμε συχνά για περίπου 5-6 λεπτά.
Προσθέτουμε το ρύζι, την ντομάτα, και ενάμισι φλιτζάνι νερό. Ψήνουμε μέχρι η γέμιση μας να είναι ζουμερή. Δεν θέλουμε να είναι πολύ υγρή αλλά ούτε και τελείως στεγνή.
Απομακρύνουμε από την φωτιά και προσθέτουμε τις σταφίδες, την φέτα και το κεφαλοτύρι. Αλατοπιπερώνουμε όσο χρειάζεται.
Στην συνέχεια προσθέτουμε και τον μαϊντανό και τον δυόσμο και αφήνουμε να κρυώσει λίγο.
Πλένουμε τις πιπεριές, κόβουμε την κεφάλη (αλλά δεν την πετάμε), αδειάζουμε τα σποράκια, και γεμίζουμε τις πιπεριές. Έπειτα τις κλείνουμε και τις τοποθετούμε σε ταψί.
Ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180ºC για περίπου μία ώρα, ίσως και περισσότερο, αναλόγως του φούρνου.