Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 160°C. Καθαρίζουμε την γλυκοπατάτα και την κολοκύθα και τις κόβουμε σε μεγάλους κύβους. Καθαρίζουμε και κόβουμε στα τέσσερα το κρεμμύδι. Σ’ ένα ρηχό ταψί στρώνουμε το χαρτί ψησίματος και βάζουμε τα 3 λαχανικά. Τα πασπαλίζουμε με την κανέλα και το μοσχοκάρυδο και τα ραντίζουμε με λίγο λάδι. Τα ψήνουμε για μισή περίπου ώρα, μέχρι να μαλακώσουν και να αρχίσουν να παίρνουν χρώμα. Βγάζουμε από το φούρνο.
Σε μια κατσαρόλα ζεσταίνουμε τα ¾ του ζωμού και στο μούλτι λιώνουμε τα ψημένα λαχανικά κι έπειτα τα ρίχνουμε στο ζωμό. Ανακατεύουμε κι αν η σούπα μας είναι πηχτή προσθέτουμε επιπλέον ζωμό. Αλατίζετε και σερβίρουμε.