Σε μια κατσαρόλα, σε μέτρια φωτιά, ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο και σοτάρουμε το κρεμμύδι μέχρι να μαραθεί. Προσθέτουμε το σκόρδο και τις πιπεριές και σοτάρουμε για άλλα 2-3 λεπτά. Ρίχνουμε τις ντομάτες και τον πελτέ και μόλις πάρουν βράση προσθέτουμε το κρασί. Χαμηλώνουμε τη φωτιά και αφήνουμε τη σάλτσα να μαγειρευτεί μέχρι να δέσει, για περίπου 30 λεπτά, ανακατεύοντας ανά τακτά χρονικά διαστήματα. Λίγο προτού αποσύρουμε από τη φωτιά προσθέτουμε την κάππαρη, δοκιμάζουμε και αλατοπιπερώνουμε.
Σε μια κατσαρόλα, σε μπόλικο αλατισμένο νερό που κοχλάζει, ρίχνουμε τις πένες Μητσίδη και τις βράζουμε σύμφωνα με τις οδηγίες της συσκευασίας ώστε να γίνουν al dente.
Ρίχνουμε τις πένες στην κατσαρόλα με τη σάλτσα και ανακατεύουμε καλά. Σερβίρουμε σε μια πιατέλα γαρνίροντας με τα φύλλα του βασιλικού και πασπαλίζοντας με φρεσκοτριμμένο πιπέρι.