Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 200 οC. Σε ένα μπολ βάζουμε τις μελιτζάνες, τα κολοκυθάκια, τις πιπεριές, τα κρεμμύδια, το σκόρδο, το θυμάρι, το ξύσμα λεμονιού, 100 ml ελαιόλαδο, αλάτι και φρεσκοτριμμένο πιπέρι και τα ανακατεύουμε. Τα απλώνουμε σε ένα ταψί και τα ψήνουμε για περίπου 30 λεπτά ανακατεύοντας τακτικά, ώσπου να τα δούμε να μαλακώνουν, σχεδόν να καραμελώνουν.
Σε ένα άλλο μπολ αναμειγνύουμε το υπόλοιπο ελαιόλαδο με το μπαλσάμικο και το μέλι, βγάζουμε το ταψί από τον φούρνο, περιχύνουμε τα λαχανικά και ανακατεύουμε, ώστε να πάει παντού.
Ταυτόχρονα, σε μια κατσαρόλα σε μπόλικο αλατισμένο νερό βράζουμε τις penne Mitsides σύμφωνα με τις οδηγίες της συσκευασίας, ώστε να γίνουν al dente. Σουρώνουμε και προσθέτουμε τα ζυμαρικά στη σάλτσα των λαχανικών. Ανακατεύουμε και σερβίρουμε, πασπαλίζοντας με τον μαϊντανό και φρεσκοτριμμένο πιπέρι.