Κόβουμε το κρέας σε κύβους μεγέθους περίπου 3 εκατοστών και το βάζουμε σ’ ένα βαθύ μπολ μαζί με το ψιλοκομμένο κρεμμύδι, 1 κλωνάρι θυμάρι, 1 κλωνάρι ματζουράνα/ρίγανη, τα φύλλα φασκόμηλου και λίγο μαϊντανό.
Καλύπτουμε με το κρασί και αφήνουμε στο ψυγείο να μαριναριστεί για 12 ώρες. Όταν αφαιρέσουμε το κρέας από τη μαρινάδα, το στεγνώνουμε καλά με χαρτί κουζίνας και σουρώνουμε τη μαρινάδα σ’ ένα χωριστό μπολ και κρατάμε τα κρεμμύδια.
Σε μια μεγάλη κατσαρόλα με χοντρό πάτο βάζουμε λίγο ελαιόλαδο να κάψει και σοτάρουμε το μπέικον μέχρι να γίνει τραγανό. Το βγάζουμε με μια τρυπητή κουτάλα και στο ίδιο λάδι σοτάρουμε τα κρεμμύδια με το κρεμμύδι στιφάδου μέχρι να χρυσίσουν. Έπειτα, σοτάρουμε και τα μανιτάρια. Κρατάμε όλα τα λαχανικά αυτά στην άκρη μέχρι να τα χρειαστούμε.
Στην ίδια κατσαρόλα ζεσταίνουμε λίγο ακόμη λάδι, και ροδίζουμε τα κομμάτια κρέατος λίγα-λίγα από κάθε πλευρά, πολύ καλά. Ρίχνουμε μέσα στην κατσαρόλα το αλεύρι και ανακατεύουμε ώστε να καλύψει τα κομμάτια και να μην είναι πια άσπρο και σβήνουμε με τη μαρινάδα. Προσθέτουμε όσα μυρωδικά δεν χρησιμοποιήσαμε στο μαρινάρισμα [τα φρέσκα δεμένα σε ένα ματσάκι με ειδικό μαγειρικό σπάγκο] μαζί με τα καρότα και το σκόρδο και σιγοβράζουμε με το καπάκι για περίπου 2 ώρες ή μέχρι να μαλακώσει το κρέας.
Προς το τέλος του μαγειρέματος ρίχνουμε μέσα το μπέικον, το κρεμμύδι και τα μανιτάρια και συνεχίζουμε το βράσιμο για άλλα 20 λεπτά μέχρι η σάλτσα μας να χυλώσει.