Πλένουμε καλά την πάπια σε κρύο νερό βγάζοντάς της τα λίπη και γδέρνοντάς της την πέτσα. Την βάζουμε στον ατμό ή σε μια κατσαρόλα όπου τοποθετούμε μέσα ένα σουρωτήρι. Βάζουμε τόσο νερό ώστε να μην αγγίζει τον πάτο του καλαθιού και σκεπάζουμε την κατσαρόλα. Αφήνουμε την πάπια να γίνει στον ατμό για 45 λεπτά.
Εν τω μεταξύ προετοιμάζουμε τις πατάτες και τα μήλα τα οποία ξεφλουδίζουμε. Τα ραντίζουμε με τον χυμό λεμονιού και τα ανακατεύουμε με το ξύσμα και το χυμό πορτοκαλιού, το τζίντζερ και το μέλι. Σιγοβράζουμε σε μικρή κατσαρόλα μέχρι να σφίξει το σιρόπι.
Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 190°C και βγάζουμε την πάπια από τον ατμό. Την βάζουμε σε ξύλο κοπής κι αφήνουμε για 15 λεπτά να κρυώσει. Μεταγγίζουμε τους χυμούς και το λίπος της πάπιας από την κατσαρόλα του ατμού σε ένα πυρίμαχο γυάλινο δοχείο. Το λίπος της πάπιας θα κινηθεί προς τα πάνω.
Απλώνουμε μια λαδόκολλα στο ταψί, στεγνώνουμε τις πατάτες με χαρτί κουζίνας και ραντίζουμε με 2 κουταλιές της σούπας λίπος της πάπιας και αλατοπιπερώνουμε καλά. Τοποθετούμε στο ταψί κι αφήνουμε να ψηθούν στον φούρνο για 15 λεπτά.
Ανακατεύουμε μαζί τα μήλα, το χρένο, τους σπόρους κύμινου, και τη μαντζουράνα. Αλατίζουμε καλά το εσωτερικό της πάπιας και στη συνέχεια γεμίζουμε την κοιλιά της με το μείγμα από μήλα. Την ράβουμε και την τοποθετούμε με την πλευρά του στήθους προς τα κάτω, σ’ ένα ράφι πάνω από το ταψί με τις πατάτες.
Ραντίζουμε την πάπια με σιρόπι και την φουρνίζουμε. Αφήνουμε να ψηθεί για δεκαπέντε λεπτά κι έπειτα την γυρίζουμε από την άλλη πλευρά την οποία περιλούζουμε επίσης με σιρόπι.
Τοποθετούμε τα μικρότερα μήλα στο ταψί μαζί με τις πατάτες κι αυξάνουμε τη θερμοκρασία του φούρνου στους 220°C και ψήνουμε για άλλα 15-20 λεπτά. Έπειτα βγάζουμε την πάπια από το ταψί και την τοποθετούμε σε γάστρα. Αφαιρούμε τα μικρότερα μήλα και σκεπάζουμε και τα δύο σκεύη μας με αλουμινόχαρτο για 15 λεπτά.
Ραντίζουμε τις πατάτες σε μια τελευταία κουταλιά από το λίπος της πάπιας και τις πασπαλίστε με αλάτι. Αφήνουμε να ψηθούν για άλλα 10 λεπτά. Χαράζουμε την πάπια και σερβίρουμε.